První zmínka o vsi je z r. 1316. O tvrzi se v pramenech mluví až r. 1414, i když patrně vznikla už ve 14.století. Ve Středoklukách byla od nepaměti dvojí vrchnost: větší část vsi s poplužním dvorem a tvrzí patřila zemanům ze Středokluk (r. 1318 se uvádějí Bohuslav z Vlčího a ze Středokluk, Heřman a Fridrich ze Středokluk), menší část Středokluk s manským dvorem patřila kapitule svatovítské. V polovině 14. století náležela zemanská část Středokluk s dvorem pražskému patricijskému rodu Velfloviců a v majetku tohoto rodu zůstala až do konce 14. století. R. 1414 odkázal Albert z Gryfštetu, zeť Pešla Velflovice, dvůr s tvrzí a s půldruhým poplužím ve Středoklukách dceři Kateřině, ale ta již za rok prodala zmíněný statek Mikuláši z Okoře.

   Za husitské revoluce byly Středokluky a okolí zpustošeny. R. 1420 při tažení žateckých, lounských a slánských houfů do Prahy byla středoklucká tvrz podobně jako sousední v Makotřasech, s nimiž byly Středokluky spojeny v jeden statek, vypálena. Přitom byli tamní farář (Mikuláš z Domažlic) a kaplan upáleni. Naproti byl poslán s vojskem pražským Hynek z Koldštejna. Statek Středokluky pak zabrali Pražané a darovali jej rytíři Valkounovi s podmínkou, že zaplatí 20 kop grošů českých dluhu Dorotě Hanuškové. Protože dluh nebyl splacen, ujala se Středokluk Dorota Hanušková. Po ní zdědil statek syn Jan. V té době byla středoklucká tvrz již opravena. Později zdědili středoklucký statek Markéta a Jindřich z Vrapic. Markéta prodala Středokluky r. 1448 Jindřichovi Čečkovi z Pakoměřic, od něhož je za rok koupila Anna ze Schwarzenberka. Dále se majitelé velice často střídali, až se v první polovině 16. století stali držiteli Středokluk Bezdružičtí z Kolovrat a vlastnili je až do r. 1623, kdy byl statek Středokluky Vladislavu Abdonovi Bezdružickému z Kolovrat konfiskován pro účast na stavovském odboji. Komora královská prodala statek vévodovi Jindřichu Juliu Saskému. R. 1630 koupila statek opět Johana Magdaléna Bezdružická z Kolovrat. R. 1631 byl statek Středokluky vydrancován vojskem kurfiřta Saského, přičemž byla z větší části zničena a spálena i středoklucká tvrz a všechny hospodářské budovy. Vesnice byla vypálena a poddané se rozutekli nebo byli pobiti.

   Zpustošený statek koupili r. 1645 jezuité od sv. Klimenta pro seminář sv. Václava a v majetku jezuitského řádu zůstal až do jeho zrušení. Od r. 1773 se Středokluky spolu se statkem Tuchoměřice dostaly do majetku novoměstského konviktu, později patřily studijnímu nadačnímu fondu.

   Z inventáře středokluckého statku ze 17. století, v němž je tvrz a její zařízení dost podrobně popsáno, můžeme si učinit určitou představu o jejím vzhledu. Šlo o několikapatrové stavení nepříliš rozsáhlé, nacházející se u hospodářského dvora. V každém patře byly dvě až tři místnosti. Podle uspořádání místností to byla patrně věžová stavba, obvyklý typ tvrze 14. století. Nejníže při zemi byla světnice, spíž, kuchyň a síň, dále nad nimi mázhaus a panská světnice, v dalším patře fraucimor se třemi zasklenými okny a s přilehlou světnicí bez oken a nejvýše byl špejchar.

   Tvrz postupně chátrala, koncem 18. století, v době, kdy J. Schaller vydával svou Topografii, byla v rozvalinách. Do našich dnů se z ní nezachovalo nic.